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区别是:(一)政府公共预算的收入主要来自于国家的税收收入,国有资本经营预算收入来源是国家依法取得的国有资本收益;(二)国有资本经营预算在编制上,相对独立于公共预算,即国有资本经营预算按照当年取得的国有资本收益确定支出规模,量入为出,不列赤字;(三)与公共预算相比,目前国有资本经营预算的收支规模还很小。